Sempre com a camisola do Ferroviário de Maputo (então Ferroviário de Lourenço Marques), clube que sempre representou, fez o que estava ao alcance de poucos.
“Magatsutsa”, como era carinhosamente tratado, esteve sempre ligado aos Caminhos de Ferro de Moçambique, emnpresa para a qual foi admitido em 1953. E fica registado que começaria a trabalhar no ano seguinte. Desviado do futebol para o atletismo, foi reconhecido pelo impacto que as suas pisadas causavam nas pistas.
De tal forma que, a 30 de Junho de 1968, e num marco na sua carreira, fora seleccionado como a figura que entrou com a chama Olímpica na inauguração do Estádio Salazar, actual Estádio da Machava.
Magalhães tornava-se, desta forma, no atleta que, com o maior recinto desportivo do Ultramar repleto, acendeu a pirâmide Olímpica, um dos momentos mais destacados a cerimónia de inauguração marcada, depois, pela realização do jogo Portugal-Brasil.
Considerado pela crítica como um velocista que impressionava pela rapidez e enorme potencial, José Filipe Magalhães foi recordista nacional dos 100, 200 e 400 metros, para além de se ter evidenciado nas provas de estafeta 4x100 e 4x400 metros.
Em 1969, José Filipe Magalhães conquistou as provas de 200 e 400 metros no 1.° Torneio Inter-Ferroviários realizado na cidade da Beira.
No seu percurso ganhador, e com o Ferroviário de Maputo sempre no coração, José Filipe Magalhães chamou também a si o estatuto de recordista provincial de Moçambique nos 100, 200 e 300 e 400 metros e estafetas de 4x100 metros.
Dominou, ao longo da sua carreira, as provas de 100 e 200 metros na Taça Crisóstomo Ferreira (1962), Torneio de Encerramento (1963), Torneio de Abertura (1964), Torneio dos Seis, Campeonato Provincial de Atletismo, Taça Casa Lido (1967), Dias dos Recordes, Campeonatos Regionais de Seniores (1969), Provas Abertas (1970), entre outras provas.
Ao nível da selecção nacional de Moçambique, maravilhou nas 30 provas em que disputou, com destaque para o registo de 10, 7 segundos nos 100 metros, e 20 segundos nos 200 metros.
Ainda em 1964, José Filipe Magalhães bateu toda a concorrência no 1° Torneio Porto/Lourenço Marques ao vencer as provas de 100 metros com 10, 6 segundos e dos 200 metros com 22, 3 segundos. Há ainda a destacar o primeiro lugar alcançado na provas dos 4x100 metros com o registo de 44, 3 segundos.
Dois anos depois, ou seja, em 1966, José Filipe Magalhães foi destaque no no 1.° Torneio Moçambique/Angola, onde dominou nas provas de 200 metros, com 22, 4 segundos, e 100 metros, com 10, 7 segundos.
O seu desempenho, como sempre, foi determinante para que Moçambique conquistasse a prova com 106 pontos, contra 103 dos angolanos.
A 20 de Maio de 2015, a Escola Superior de Ciências de Desporto da Universidade Eduardo Mondlane, rendida à sua classe e impacto, distinguiu-o como um dos atletas do século XX. José Filipe Magalhães perdeu a vida a 25 de Dezembro de 2018, na cidade de Nampula, aos 80 anos.